Fakultas Peternakan dan Perikanan (Fapetkan) merupakan salah satu dari tujuh fakultas yang ada di Universitas Samawa. Fakultas ini termasuk fakultas yang paling baru (fakultas termuda) yang dibentuk oleh Universitas Samawa, namun dua program studi yang bernaung di bawahnya yaitu program studi peternakan dan program studi manajemen sumberdaya perairan telah mendapat ijin operasional dari DIKTI sejak tahun 1998.  Pada mulanya, kedua program studi tersebut berada di bawah Fakultas Pertanian dan Perikanan yang tergabung dengan dua program studi lainnya yaitu program studi Agribisnis dan Agroteknologi.

Sejalan dengan adanya peningkatan jumlah mahasiswa di Fakultas Pertanian dan Perikanan terutama program studi Peternakan, maka program studi tersebut diyakini mampu berdiri sendiri dengan membentuk Fakultas tersendiri. Selain karena adanya peningkatan jumlah mahasiswa, pembentukan fakultas baru ini juga ditujukan sebagai langkah dalam mengembangkan program studi peternakan dan program studi Manajemen Sumberdaya Perairan menjadi program studi yang mandiri.

Berdasarkan beberapa pertimbangan tersebut, Senat Universitas Samawa mengadakan rapat tentang rencana pembentukan Fakultas Peternakan dan Perikanan. Hasil rapat senat pada tingkat Universitas yang dilaksanakan pada tanggal 5 dan 16 Januari 2017 menyepakati bahwa Fakultas Pertanian dan Perikanan dipecah menjadi dua fakultas yaitu 1) Fakultas Peternakan dan Perikanan dan 2) Fakultas Pertanian.  Pembentukan fakultas baru ini kemudian disahkan yang dibuktikan dengan Surat Keputusan (SK) Rektor nomor 005/UNSA-SBW/G.26/2017 tertanggal 17 Januari 2017.